与自然妊娠一样，试管婴儿发生生化妊娠的原因也包括以下这些：
1、受精卵本身有缺陷：
一般认为胚胎染色体异常可能是导致生化妊娠的主要原因。怀孕前三个月早期流产中，有超过50%的流产原因是染色体异常。一代、二代试管婴儿技术并不能从外观上鉴别出胚胎是否染色体异常，如果取出的精子和卵子存在染色体问题，那么试管婴儿发生生化妊娠的概率就会增加。
2、卵巢黄体功能不全：
黄体功能不全、孕酮分泌不足也会导致胚胎着床困难，从而出现生化妊娠现象。建议检查子宫及子宫内膜，根据月经周期激素的测定来判断是否存在问题。
3、子宫因素：
子宫发育不良、子宫粘膜下肌瘤、子宫内膜息肉、宫腔粘连、子宫内膜结核等因素都会导致胚胎难以在子宫里安营扎寨，发生生化妊娠。
4、外界因素影响：
除了自身条件外(包括身体素质、情绪紧张)，外界因素的影响也会引起生化妊娠的出现。比如抽烟喝酒、接触有毒有害物品、噪声震动以及情绪异常波动等，都有可能对胎盘、胚胎甚至胎儿造成损伤，从而引起生化妊娠或者流产的情况出现。
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